生物がもつDNAの塩基配列上の特定の位置に存在する個体の違いを表す目印（マーカー）のことを言います。DNAはアデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、チミン(T)の４つの塩基が連なってできていますが、この塩基の並びの目印となる特定の塩基配列をDNAマーカーといいます。